Das hat die Gemeinde in der ich wohne (auch Bayern) vor Jahren auch mal versucht. Ich habe Widerspruch eingelegt und hätte notfalls auch dagegen geklagt. Das Landratsamt hat dann letztendlich entschieden, dass ich weiterhin meine ganz normale Hundesteuer bezahle.
Das kann aber, glaube ich, je nach Satzung der Gemeinden variieren.

Bei Interesse scanne ich den Widerspruchsbescheid vom Landratsamt gerne ein und schicke ihn per Mail weiter.